幽门螺杆菌在临床上有很多检查方法，大多数是全或无的概念，比如临床上最常用的呼气试验，包括碳13、碳14呼气试验。碳13呼吸试验的正常值是0-3.9dpm，如果在0-3.9dpm则判断是阴性，不存在幽门螺杆菌感染。如果超过3.9dpm，则要考虑存在幽门螺杆菌感染，为阳性，可以查大便幽门螺杆菌抗原。如果提示阴性，则没有幽门螺杆菌感染，如果为阳性则考虑存在幽门螺杆菌感染。
无创检查方法还包括抽血，多数情况下反映的是既往感染状态。幽门螺杆菌抗体还可以进一步做分型检测，包括幽门螺杆菌CagA、VacA，以及尿素酶A、尿素酶B的分析。如果CagA或者VacA阳性，幽门螺杆菌感 染考虑为高致病率。如果是单纯尿素酶A或者尿素酶B阳性，可能致病率相对要弱，可以做胃镜时取一块胃黏膜组织，用快速尿素酶的方法，可以当场判断有无幽门螺杆菌感染。如果指示剂变成紫色，则判断是阳性，会在胃镜报告描述进行快速尿素酶检测，提示存在幽门螺杆菌感染。如果快速尿素酶检测是阴性，胃镜报告上也会出现表面快速尿素酶检测的幽门螺杆菌阴性，还会有进一步的病理检查，组织在病理科可以通过染色或免疫组化的方法再进一步判断，病理报告上会出现幽门螺杆菌Hp是阳性的情况。