超声介入穿刺作为一种临床微创手术，如同其它手术和临床治疗一样不可避免存在一定不良反应和并发症，发生率与病灶部位、病灶性质、采用介入穿刺方法等因素有关。常见不良反应和并发症有以下几种：
1、疼痛：疼痛是穿刺术中、术后最常见不良反应，以穿刺局部轻微疼痛为主，主要发生在术后48小时内，疼痛轻微通常无需特殊处理，疼痛剧烈应当警惕出血或并发炎症；
2、出血：出血发生率和所涉及脏器、病灶性质，使用针具类型和外径操作人员熟练程度有关；
3、发热：多数为37.5℃左右低热，超过38.5℃需要对症处理，注意排除有无合并感染；
4、感染： 并发感染几率较小，主要原因是介入器械、细菌污染和操作不规范；
5、针道种植：发生率极低，与多次重复穿刺、穿刺针口径过大有关，同轴套管活检技术应用可以大大减少肿瘤针道种植发生率。