颅内静脉窦血栓形成鉴别一般需要与以下疾病进行鉴别：
1、首先需要鉴别良性颅内压增高症，可表现为头痛、恶心、呕吐等不适，但一般没有颅内静脉窦血栓的其它表现，如肢体无力、抽搐等；
2、需要和动脉系统疾病如出血性卒中相鉴别，一般通过核磁或CT可以做出判断；
3、需要与脑脓肿、脑肿瘤及脑炎等疾病进行鉴别，结合相应病史，如有无感染进行鉴别。
因其病因和表现都不相同，还需要对颅内静脉窦血栓形成不同部位的静脉窦血进行鉴别。一般颅内静脉窦血栓分为以下几种：
1、上矢状窦血栓形成，最常见于脱水或衰弱婴儿，常见于创伤、肿瘤、妊娠患者。一般症状包括全身情况衰弱、发热、头痛及下肢近端为重的肢体瘫痪。还可以出现精神症状和一过性尿潴留；
2、需要鉴别海绵窦血栓形成，常见于鼻窦，上面部化脓性感染病灶，即常见的危险三角区，主要表现眼球突出、水肿和眼球活动障碍以及眼球固定，同时还可以出现颜面部肿痛、疼痛、角膜反射消失；
3、需要鉴别横窦和乙状窦血栓，一般是由化脓性乳突炎或中耳炎引起；
4、与直窦血栓鉴别，表现为去大脑强直和不自主运动。