益生菌有很多种，包括双歧杆菌、乳酸杆菌、粪肠球菌以及地衣芽孢杆菌。双歧杆菌、乳酸杆菌又分成很多种类，所以看到益生菌药物有各种各样的成分。
还有现在新出现的益生菌，如布拉迪酵母菌，还有常吃的地衣芽孢杆菌、妈咪爱(枯草杆菌二联活菌颗粒)中的枯草杆菌，这些其实属于益生菌的范畴。
在酸奶添加剂中，益生菌更多，如婴儿双歧杆菌、青春双歧杆菌、乳酸杆菌以及嗜酸乳杆菌。益生菌虽然多，但实际上现在已经明确的食品添加剂到酸奶或食品中，还有用于特殊用药的益生菌种类有限。
对这些细菌，通常是已经研究得比较明白，开始在临床上进行规 范使用的益生菌，所以只要是正规的厂家出产的药品，或是在酸奶中添加的益生菌，这都可以放心用，这些益生菌对于调节肠道微生态，对于人体健康的恢复，都有很好的作用。