头孢氨苄和头孢克肟同属于头孢菌素类的抗菌药物，但两种药品有一些区别，具体如下：
1、分代不同：头孢氨苄属于第一代头孢菌素，主要是对革兰氏阳性菌具有较明显的抗菌作用。头孢克肟是属于第三代的头孢菌素，头孢克肟是广谱的抗菌素，对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌具有明显的抗菌作用；
2、作用不同：头孢氨苄在临床上主要是用于轻、中度的感染性疾病，比如比较适合用于上呼吸道的感染，可以用于皮肤和软组织的感染，可以用于敏感菌所导致的泌尿系统的感染。头孢克肟具有广谱的抗菌作用，因此应用的范围较广，可以用于呼吸系统感染，既包括上呼吸道的感染，也包括下呼吸道的感染。另外该药物也适合用于胃肠道的感染，泌尿、生殖系统的感染以及其他部位的感染性疾病。