甲状腺超声穿刺，特别是细针穿刺非常安全。目前甲状腺细针穿刺细胞学检查，能够满足临床大部分病变的鉴别能力，病理科医生只要有比较完整的几十个细胞以上的满意涂片，就能做出满意诊断。现在在穿刺基础上改良了针型，比较常用的针型是25G针，外径只有0.5mm，像头发丝那么细，如此细的针进入甲状腺组织很少会引起甲状腺出血。
有的患者会担心甲状腺是疑似肿瘤，穿刺会不会引起肿瘤沿着穿刺针道进行种植，目前在医学上没有证据。即使是甲状腺恶性肿瘤，也是以乳头状癌为主要病理分型，乳头状癌是相对温和的肿瘤，非常惰性，生物学行为也比较温和，目前没有因为穿刺造成肿瘤播散的报道。