引起指甲分层的原因很多，具体如下：
一、全身性因素：
1、营养不良：比如由于全身性的营养不良，缺钙、缺锌或者缺乏一些其他的维生素等，导致指甲的甲母质细胞功能异常，则合成的指甲甲板结构就可能发生异常，这样就可以导致指甲出现分层；
2、皮肤病：比如银屑病或者是扁平苔藓等，如果累及到了指甲，也可以导致指甲生长异常，出现分层。
二、局部因素：
1、局部损伤：比如指甲局部外伤或者是人为损伤，都可以导致指甲出现分层。包括指甲长期接触一些碱性大的洗涤剂或者有机溶剂等，造成甲板损伤，这样也可以导致指甲分层；
2、局部感染：还有 一些感染因素，比如指甲局部有皮肤癣菌，即一些致病真菌的感染导致灰指甲，也就是医学上讲的甲癣或者甲真菌病，这些真菌引起甲板病变，也有可能导致局部指甲出现分层。
所以，引起指甲分层的原因很复杂，内因、外因都有。需要详细询问病史，然后结合临床表现，才能做出正确的诊断。