非淋菌性尿道炎临床上常指的是由支原体、衣原体引起，比如溶脲支原体、人型支原体引起的非淋菌性尿道炎，常见药物一般以大环内酯类药物代表为主，比如多西环素或阿奇霉素等药物。除此之外，还可以选择头孢类或喹诺酮类药物，比如头孢曲松、头孢哌酮、头孢地尼或氧氟沙星、左氧氟沙星等。
支原体、衣原体引起的尿道炎具有传染性，属于现在较常见的一种性病类型。如果感染了支原体、衣原体，引起的非淋菌性尿道炎，性生活需要暂时禁止，如果要进行性生活，一定要戴上安全套，否则夫妻之间或男、女之间互相交叉传播，反而导致治疗效果不好。治愈标准一般是临床症状完全消失，同时经过支原体、衣原体的培养，至少2次都是阴性，才认为是治愈。