做肾穿刺会有疼痛的感觉，患者通常是在皮下穿刺针，进入到皮肤时感觉到疼痛。此外较为明显的疼痛位置是在肾包膜、肾被膜上，通常进行肾穿刺操作时，要在局部麻醉下进行。疼痛不会特别剧烈，多数患者都能够耐受，并不需要全麻等。
更复杂、更高级的局部浸润麻醉，可以达到止疼，完成操作的目的。通常在操作时应先进行局部的浸润麻醉，要在皮下穿刺通道上进行麻醉。此外要在肾表进入到肾被膜的位置上，进行表面深部的麻醉。通过针道进行麻醉后，在穿刺操作时患者可能仅有隐痛或不适感，不会出现难以忍受的疼痛。进行穿刺时，只需局部麻醉即可，患者通常都能耐受。