男性泌尿系统感染分为上尿路感染和下尿路感染，上尿路感染最常于急性肾盂肾炎，而下尿路感染最常于急性膀胱炎、急性尿道炎。对于泌尿系统感染，总的治疗原则是抗菌、消炎。但由于上尿路感染和下尿路感染的发病特点不尽相同，因此用药选择和具体使用方法上不尽相同，主要治疗如下：
一、抗感染治疗：
1、上尿路感染：一般表现出明显的全身症状，如发热等，同时有腰痛症状，感染症状较重。一般需静脉应用抗菌素，可根据尿培养结果选择敏感抗生素，也可经验性应用半合成青霉素、第三代头孢菌素、喹诺酮类抗菌素，以及氨基糖苷类抗菌素 。用药周期较长，一般是静脉应用10-14天，在症状完全控制后，应继续口服药物如喹诺酮类药物治疗2-4周；
2、下尿路感染：在急性膀胱炎时，一般推荐应用喹诺酮类口服药物，如左氧氟沙星，用药周期一般为7天。如果存在有梗阻性问题导致的急性膀胱炎，用药周期应适当延长到14天，且应尽可能解决梗阻问题。而急性尿道炎最常见于淋球菌性尿道炎，一般推荐应用头孢克肟、左氧氟沙星等药物进行治疗。另外，还有非淋菌性尿道炎，病原体为支原体或衣原体，主要用药选择是阿奇霉素、多西环素、左氧氟沙星。
二、一般治疗：
除抗感染治疗外，生活上应多饮水，形成较多尿液以冲洗尿道。还应暂停性生活、注意休息、避免劳累等，也可以应用缓解症状的药物。如果存在明显尿频、尿急症状，可以应用黄酮哌酯类药物改善症状。