患者选择缩小扁桃体肥大的药物，需根据其病因而定，常见情况如下：
1、细菌感染：如果是细菌感染引起的急性扁桃体炎，或慢性扁桃体炎急性发作，此时通常建议患者服用抗生素，比如阿莫西林、阿莫西林克拉维酸钾等青霉素类抗生素，或头孢氨苄、头孢克洛、头孢丙烯、头孢地尼等一代或二代头孢类抗生素。如果是18岁以上，非孕期、非产期、非哺乳期的患者，可以使用喹诺酮类抗生素，如氧氟沙星胶囊、左氧氟沙星胶囊、拜复乐片剂(盐酸莫西沙星片)等。此外还可以使用清热解毒的中成药，比如牛黄解毒片、三黄片、牛黄解毒丸等，患者还 可以服用蓝芩口服液、金银花口服液、金莲花软胶囊、芩连丸等药物，上述药物均可以有效缓解由细菌感染引起的扁桃体肥大症状，也可以有效缩小扁桃体的体积；
2、病毒感染：如果患者是病毒感染引起的扁桃体炎，此时还未引发细菌感染，可以使用抗病毒药物，同时加用清热解毒的中成药进行治疗，或服用抗病毒口服液。