近年来，随着诊断能力、早期干预、康复训练质量的提高，自闭症儿童的预后也在逐步改善。部分儿童的认知水平、社会适应能力和社交技巧都可以达到正常水平。但是自闭症的预后也受到多种因素的影响，包括：
1、诊断和干预的时间，比如早期诊断并在发育可塑性最强时对患儿进行长期系统的干预，一般在6岁以前，可最大程度改善患儿预后。对于轻度、正常或接近正常儿童的自闭症患儿，早期诊断和早期干预尤为重要；
2、早期语言交流能力，与儿童孤独症密切相关。早期在5岁以前，在诊断为儿童自闭症之前已有较好的语言能力者，预后一般较好；
3、病情严重程度以及智力水平。儿童孤独症患儿的预后受病情严重程度和智力水平影响较大，病情越严重，智力越低，预后也越差。反之，病情越轻，智力越高，预后越好；
4、自闭症患儿是否伴有并发症。自闭症儿童的预后还与儿童的发病疾病相关。若患儿伴有脆性X综合征、结节性硬化、精神发育迟滞、癫痫等疾病，其预后也较差。