衣原体肺炎通常起病隐匿，早期主要为上呼吸道感染的表现，与支原体肺炎非常相似，它的症状比较轻，伴有发热、寒战、肌痛、不适、乏力，以及非胸膜炎性胸痛等症状，可以有少量咯血，以咽炎为主要表现的可以有咽痛和声嘶。
衣原体肺炎还可以表现为双阶段病程，第一阶段表现为咽炎，通过治疗好转后1-3周又发生气管炎和肺炎，咳嗽加重，少数患者可以没有症状。此外，衣原体肺炎还可以伴有肺外症状，例如中耳炎、关节炎、甲状腺炎、脑炎等。
衣原体肺炎的血液检查特点，是血常规、白细胞基数正常，或者稍高，血沉可以增快。对于衣 原体肺炎的诊断，从呼吸道标本中分离出肺炎衣原体是诊断的金标准，但是这种方法要求实验室条件较高，在临床中应用较少，通常在临床中诊断衣原体肺炎的方法，是测定肺炎衣原体的抗体。