睡眠呼吸暂停综合征的患者，通常会建议佩戴呼吸机，是在睡眠期间佩戴，清醒的时候则不需要佩戴。使用呼吸机会有一定的副作用，首先因为戴呼吸机要有鼻罩或者是鼻枕，才能接触皮肤，部分患者皮肤比较敏感，可能会涉及损伤、过敏、发痒等皮肤问题。还有呼吸机会给予压力，会有风吹到呼吸道里面，如果鼻罩盖的不严、漏气，会对眼睛具有一定的影响，可能会使其流泪、发炎。如果呼吸机给予的气流压力太高，就会引起腹胀的问题，也会非常不舒适。
总之，呼吸机没有特别明显的副作用，主要是一些局部的反应，比如接触皮肤的问题，部分患者使用呼吸机以后，特别是第一天晚上，会出现不适的感觉，甚至会引起失眠。部分患者罩上鼻罩会感觉紧张，具有幽闭恐惧的表现，可以通过调整鼻罩的大小，面罩的松紧度和压力水平，或者是更换更好的面罩材料等方法，减少或者避免副作用。