常见的原发性纵隔肿瘤包括胸腺瘤、神经源性肿瘤以及支气管囊肿等。对于位置较好的前纵隔胸腺瘤、神经源性肿瘤、后纵隔神经源性肿瘤，一般采取手术治疗，包括开放性手术和微创性手术。目前临床绝大部分纵隔肿瘤可以通过微创方式解决，而微创路径也分很多种，主要包括侧胸壁打孔和剑突下打孔，对患者的伤害较小。
对于胸腺瘤、神经源性肿瘤，完整切除包膜即可，后续无需进行放疗、化疗。但对于具有恶性成分、恶性生物学行为的胸腺瘤或畸胎瘤，术后需加用放疗、化疗，以防止复发。
此外，对于比较特殊的前纵隔肿瘤、血液系统来源的淋巴瘤或生殖细胞肿瘤，需要其它科室如血液科、肿瘤科进行辅助化疗。