通常药流后能恢复正常月经，影响下次妊娠的可能性较小，若多次进行药流，存在发生其他意外的情况，次数较多，发生意外的可能性增加，甚至可能出现不孕症。部分女性怀孕后，进行相对连续的药流，数年后可能出现不孕。但是，不孕现象与药流次数无关，部分女性一次药流即可造成终生不育。
同时不孕与药流操作无关，如在正规医院进行药流，且术中保证卫生状况与消毒，依然存在一定的影响。由于手术刺激造成水肿、输卵管堵塞、子宫内膜异位症及排卵异常等，例如女性20岁时进行了数次人流，在30岁时可能出现不孕，35岁以后排卵会出现问题。