核酸检测方法主要的方法如下：
1、聚合酶链反应：即荧光定量PCR，适用于大量的标本，成本较低；
2、第二代基因测序：即NGS方法，更为准确，而且可以读出数据来自于哪代的核苷酸和病毒，如德尔塔病毒核苷酸序列的完整数据，数据库里都有，测到的病毒和完整数据比对，如果比对上就是德尔塔病毒。在流传过程中会有小的变异，甚至一代、二代都不一样，微小的不一样通过比对都能够查到。所以可以查到这个病毒在此次局部社区爆发的过程中，第一代患者即一号病人是谁、从哪里来，病毒溯源用NGS方法更好。
两种方式各有优缺点，都可非常准确地反应核酸检测是否为阳性，都可以达到检测的目的。如果需要溯源，会将采集到的病毒核苷酸和所有数据库中的病毒数据库比对，从而帮助诊断、指导治疗。