感染艾滋病毒之后的急性期可以出现腹泻症状，多数也表现为每天大便次数增多，大便比较稀，伴有腹痛、里急后重等，通常在1-3周左右可以自行痊愈，和普通的腹泻症状类似。在艾滋病毒感染后期，也就是临床发病阶段，也可以出现慢性腹泻，这种腹泻和普通腹泻相比，其特点首先是病程比较长，往往持续1个月以上，其次对常规治疗不太敏感，效果不好，另外伴有发烧，或者机体进行性体重下降、消瘦等症状，还可以伴有全身淋巴结肿大，这类症状和普通腹泻有区别。
在艾滋病腹泻患者分泌物、粪便中可以检查到特殊病原体，比如沙门 氏菌、志贺氏菌、阿米巴原虫、隐孢子虫、蓝氏贾第鞭毛虫等，在普通腹泻中一般较少见到。最能准确区分是普通腹泻还是艾滋腹泻的方法，是做艾滋病毒抗体检查，如果抗体阳性，主要考虑是由艾滋病引起的腹泻。