头部CT和核磁共振检查各有优缺点。CT检查主要优点体现在对于脑出血的诊断，急性脑出血患者CT检查可以快速、敏感诊断，CT诊断价值高于核磁共振。因为CT检查速度快，核磁共振检查速度慢，此时对于急性脑出血患者的抢救较为重要。CT对钙化显示较为敏感，部分疾病，例如肿瘤容易合并钙化、寄生虫钙化等，CT显示价值高于核磁共振。
其它疾病核磁共振诊断价值高于CT，例如脑梗死，特别是急性期脑梗死、脑炎、脱髓鞘疾病、脑部肿瘤、软组织病变。因为核磁共振软组织分辨力较强，可以多参数、多方位成像，对于较小肿瘤能够清晰显示，肿瘤定性和鉴别诊断方面核磁共振显示明显效果高于CT。