胃镜检查不一定能查出喉咙问题，在胃镜检查时，有经验的医生会顺便看咽喉情况，若病人恶心、呕吐反应较大，咽喉部黏膜处于收缩状态，不容易显露完全，无法查看喉咙具体情况。假如想详细检查喉咙部病变，通常需到耳鼻喉科就诊，进行纤维喉镜检查。
通常胃镜主要是检查食道、胃、十二指肠球部、十二指肠降部，以及黏膜是否存在病变和具体病变情况，包括食管炎、食管异物、食管癌、胃溃疡、非萎缩性胃炎、胃癌、十二指肠溃疡以及十二指肠肿物等。胃镜主要是经过口腔进镜，而鼻咽喉镜主要经过鼻腔进镜，可以详细看到咽喉部声带情况，因此胃镜检查不能完全 看到喉咙病变。