益生菌对于治疗幽门螺杆菌有一定作用，对于有幽门螺杆菌感染的病人，尤其是反复无法根除的病人，在根除之前或根除过程当中使用益生菌，可以提高根除率。另外可以减轻根除幽门螺杆菌治疗期间，引起消化道不适症状，尤其可以减轻根除幽门螺杆菌期间，口服抗生素引起腹泻、腹胀等症状。
目前已知益生菌有根除幽门螺杆菌的作用，比如幽研素类药物，可以根除幽门螺杆菌，但根除率比传统四联根除率较低。当前治疗幽门螺杆菌的方案，通常为传统四联方案，在四联基础上加用益生菌可以提高根除率，减轻胃肠道不适，对于反复根除失败或在服药期间有不适感，可以加用益生 菌治疗。