非感染性腹泻包括功能性的胃肠道疾病和器质性疾病，功能性的胃肠道疾病，如功能性腹泻、肠易激综合征等；器质性疾病，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等以及老年最常见的缺血性肠炎或肿瘤引起的腹泻。还有一部分是由于内分泌疾病，如甲亢、糖尿病引起。另外系统性疾病，如系统性红斑狼疮、结缔组织病，也可影响胃肠道导致腹泻。
一般器质性疾病需根据病因治疗，如糖尿病引起，要积极控制血糖。如果是甲亢引起，要给予抗甲状腺激素药物治疗。如果是炎性肠病，需根据患者情况，给予中西医治疗，如美沙拉嗪、激素、免疫制剂或者生物制剂等。功能性的胃肠疾病， 如肠易激综合征、功能性腹泻，可给予调节肠道菌群药物及蒙脱石散。中医治疗功能性肠病更有优势，存在功能性腹泻或肠易激综合征患者，可以寻求中医辨证施治，效果较好。