卵巢巧克力囊肿，可能会影响月经不调，因为囊肿在卵巢局部，而卵巢又是重要的内分泌器官，当囊肿形成之后，对卵巢局部的细胞会造成影响，因此会引起内分泌出现异常，所以会导致月经出现不调。
卵巢巧克力囊肿还会导致出现进行性加重的痛经、下腹部疼痛、不孕不育。因此，对于卵巢巧克力囊肿，要积极给予治疗，比如可以口服药物治疗，可以服用丹莪妇康煎膏，来治疗痛经的症状。
对于卵巢巧克力囊肿，还可以选择手术的方法进行治疗，比如出现囊肿直径大于四公分，可以选择腹腔镜手术，也可以选择开腹手术，都能达到很好的治疗目的。
一旦出现月经不调，建议根据具体情况，给予用 药进行治疗。并且也建议这种病人，在日常生活中，少吃含有雌性激素的食物，以免加重病情。