因为磁共振具有无电离辐射的特点，是绿色环保的检查方法，所以对于胎儿也是很重要的检查手段，主要是用于胎儿先天发育畸形、先天肿瘤进行诊断。如在脑部有胼胝体发育不良、后颅窝先天性畸形、脑组织先天性肿瘤，还包括肝脏、肾脏先天发育缺如、转位，还有先天性肿瘤，比如神经管闭合畸形等，磁共振都是很有力的诊断手段。
在早孕期间，即怀孕12周内，孕妇要谨慎地进行磁共振检查，虽然现在还没有证据来证明磁共振对于早孕12周之内，即胎儿器官形成的重要时期会有影响。但基于伦理学的考虑，国家还没有批准在怀孕12周之内对胎儿进行核磁共振检查。所以对这种情况一定要慎之又慎，如果有 刚刚怀孕在12周之内的孕妇，进行检查时一定要提前声明，做好评估方可进行检查。
胎儿磁共振具有很明显的客观性先天优势，但也有比较复杂的地方，如对孕妇的要求比较高，所以在进行胎儿磁共振时，往往都要进行超声筛查。超声仍然是胎儿检查的主要检查手段，磁共振是超声的有力补充。