连花清瘟胶囊和阿莫西林，如果由于疾病治疗需要，可以同时用药，但建议间隔1小时左右服用。比如可以先服用阿莫西林，隔1小时再服用连花清瘟胶囊。连花清瘟胶囊属于复方的中成药，药物组成较复杂，包括连翘、金银花、麻黄、苦杏仁、石膏、甘草、红景天、大黄、薄荷脑等，可能与阿莫西林发生化学反应。为避免在胃肠道中相互混合，发生不良化学反应，建议二者间隔1小时左右服用，可以较大限度减少不良反应发生的概率。
阿莫西林属于β-内酰胺类的抗菌药物，药品说明书中提到可以在空腹或者饭后服用，也可以用牛奶等食物同服。阿莫西林口服后吸收较好，食物对阿莫西林的吸收影响较小。但阿莫西林作为青霉素类药物，用药前要做皮试。