甲硝唑片口服制剂任何时期均可服用，月经期也可服用，若是阴道用甲硝唑栓剂，通常建议患者在月经基本干净后再在阴道用药。
因为通常甲硝唑栓剂用来治疗外阴炎症，疗程有一定要求，可能需要至少连续使用1周，若月经还未干净时使用，可能会对阴道内环境造成一定影响。月经后期可能部分患者抵抗力较薄弱，若每天用药可能造成外源性感染，导致阴道炎症加重。
通常在还有经血的情况下，不太建议患者使用栓剂，阴道出血基本干净或干净1-2天时就可开始使用甲硝唑栓剂，原则为每天使用1颗，连续使用7天左右，通常7天使用完后隔2-3天再到医院进一步检查及诊治。