在服用根除幽门螺杆菌的药物时，原有的消化不良症状可能会有所缓解，即胃胀、胃痛等症状可以缓解。患者大便不成形、稀溏，在服用抗生素以后可以成形，且排便顺畅。
服用药物产生的不良的反应，可能是治疗幽门螺杆菌的药物中，某些抗生素会导致轻微的腹部疼痛、脐周胀满或腹泻、便秘等反应。另外呋喃唑酮等药物可能会对消化道产生刺激。此外铋剂可能会导致舌头、大便染黑，但并不是急性上消化道出血。
服用幽门螺杆菌的药物可能会产生正面反应，即原有症状会减少、消失，但也可能产生不良反应，而出现新发症状，停药以后通常能够恢复，例如舌苔、 舌头，大便变黑，停药2-3天以后均可恢复，通常不会出现任何不良反应。服用治疗幽门螺杆菌的药物，一定要规范服用，不能因不良反应而随意停药，否则细菌则难以根除。