肾囊肿手术通常复发率不是很高，因为有效率比较高，但处理方式不一样也会导致复发率的不同。
有些病人只是采用了肾囊肿的穿刺引流术，复发率相对来说比较高，最经典的方式为采用腹腔镜的方式，叫做腹腔镜肾囊肿去顶减压术。
就是把囊肿囊壁切掉一部分，让囊液流出，一方面不会再对肾脏造成压迫，另外一方面，里面囊液出来之后，就不再会形成囊肿。虽然术后复查B超时，还会看到囊肿的影子，但不是复发的囊肿，完全不会对肾脏造成影响，所以通常在原来的地方不会复发。
当然有些病人在随访的过程当中会发现又长囊肿了，那是在肾脏其他地方长的囊肿，或者在对侧长了囊肿。不叫囊肿复 发，是原来就有小的囊肿随着时间推移慢慢长大，又变成很大的囊肿。
另外，囊肿的手术不会把所有囊肿都处理掉，只处理大囊肿，因为大囊肿才会造成影响，把大囊肿处理掉就行。小囊肿根本找不到，也没有办法处理。甚至有一些囊肿埋在肾里面，像这种囊肿没有办法处理，只有等肾囊肿再继续长大了之后才需要继续处理。