扁桃体发炎通常不会自愈，因为扁桃体炎是在机体抵抗力下降时，受到细菌或病毒感染引起。常见急性扁桃体炎的致病菌是溶血性链球菌，可以使用抗生素治疗，如阿莫西林克拉维酸钾或二代头孢，根据疾病严重程度，选择口服或静脉用药。如果急性扁桃体炎并发扁桃体周围脓肿，为防止脓肿进一步扩大，对身体产生不良影响，此时要将抗生素升级到三代头孢，并联合使用甲硝唑或替硝唑。
急性扁桃体发作时会出现畏寒、发热等全身症状，可以口服解热镇痛类药物，同时建议使用复方氯己定漱口液进行口腔含漱，杀灭口腔中的细菌。扁桃体炎发作时需要注意 休息，补充丰富维生素C，增加机体抵抗力。扁桃体炎具有传染性，家属要注意自身防护，避免感染。