如果患者进行巧克力囊肿手术，需要进行腹腔镜手术，切口是几个小眼，缝合后可能肚皮上没有大切口，所以恢复比较快。住院前需要有1天的准备，手术后如果恢复快，可能第2天即可下地，充分活动后可以出院。如果巧克力囊肿手术创面较大，有粘连情况，渗血比较多，或者术后发热，可能需要观察3-5天，最长可能要住院1周，短则1-3天即可出院。
通常巧克力囊肿手术后不会住院过长时间，只要能下地活动、不再发热，不需要特殊治疗，如果排尿、排气比较正常，即可出院。如果需要拆线，可以回医院进行拆线，部分患者进行皮内缝合，可能不需 要拆线。