目前认为草绿色链球菌是亚急性细菌性心内膜炎最常见的致病菌，当心脏的内膜出现损伤或者心脏瓣膜损伤时，草绿色链球菌通过皮肤创口或者与外界相通的腔道，比如消化道或者呼吸道，进入人体的血液循环，随着血液循环定植在心脏瓣膜上，形成赘生物。赘生物表面会有纤维蛋白的沉积，最后亚急性细菌性心内膜炎的致病菌积聚在赘生物的核心部位，当赘生物脱落时，这类细菌就随着赘生物，定植到其它人体重要脏器上。
如果落至肝脏表面，会导致肝脓肿。如果脱落到颅内，会导致脑内的感染，比如脑脓肿。如果定植在肾脏上， 可以造成肾脏脓肿。总之，亚急性细菌性心内膜炎，最常见的致病菌是草绿色链球菌。在血培养结果出来前，一旦诊断亚急性细菌性心内膜炎，可以预防性使用针对草绿色链球菌的药物。