青少年脑萎缩原因一般包括先天性、继发性和遗传性因素，先天性脑萎缩与生俱来，一出生即发育异常。遗传性是遗传于祖先，最多见的是脊髓小脑性共济失调。继发性因素较多，包括以下几种原因：
1、炎症：青少年发生脑炎以后会遗留脑组织萎缩；
2、血管病：青少年血管病很少见，多源于先天性或者遗传性血管异常，导致局部缺血或者出血，引起脑组织坏死，出现脑组织萎缩；
3、外伤：最多见于外伤导致出血；
4、产伤：小孩生产过程当中造成产伤引起脑出血，也可以引起脑细胞坏死、脑体积缩小，产生脑萎缩，在生产过程中缺血、缺氧也可以引起脑体积萎缩；
5、中毒。