脑炎分为感染性脑炎和免疫性脑炎，感染性脑炎是由病原体直接侵犯脑实质造成的脑部疾病，免疫性脑炎是由于自身免疫机制介导的脑实质受损的疾病，这两类疾病的形成过程不太一致。
临床上导致脑炎的病原体有病毒、细菌、螺旋体、寄生虫，这些病原微生物可以通过不同的途径侵犯到脑实质，部分经过血行的直接播散，有的是邻近器官的感染造成的脑组织的感染，如鼻窦炎、乳突炎造成骨质的破坏以后导致感染性脑炎。病毒可以在肠道、呼吸道直接侵犯到神经干，逆行进到脑组织造成感染性脑炎。
免疫性的脑炎多数是由于免疫机制导致的脑实质受损。常见的免疫性脑炎，比如抗NMDA受体脑炎，是体内的抗NMDA受体抗体介导的脑炎，都与免疫相关，有的患者是有畸胎瘤或者合并其他的肿瘤导致脑炎。其他抗体介导的脑炎，有些是由免疫机制介导，有些有合并的肿瘤产生的特异性的抗体，是针对神经组织的抗体介导的脑炎。