肛周脓肿手术以后可以口服广谱抗生素，最常用的是头孢类抗生素，二代、三代头孢类的抗生素都可以，都能够有效覆盖住相应的致病菌，能够抑制致病菌的繁殖。其他的如氧氟沙星，也有一定疗效，也可以应用。
要强调的是肛周脓肿必须手术治疗，如果不手术治疗，应用抗生素疗效不好，也没有意义，有些肛周脓肿术后可以不用抗生素，比如小的肛周脓肿不用抗生素，一般不会有严重问题，但是感染广泛的肛周脓肿需要应用抗生素，来抑制细菌繁殖，促进感染期的度过。
一些特殊情况必须应用抗生素，包括有严重的基础疾病，比如糖尿病患者，尤其是血糖控制不好的糖尿病患者，因为这类患者特别 容易激发坏死性筋膜炎这类致死性感染。
还有一类患者，有心脏瓣膜置换术，这类患者手术以后也必须应用抗生素，因为如果不用抗生素，可能会造成败血症这类严重感染。