子宫萎缩有效治疗方法为大剂量激素治疗，生育年龄女性如果出现子宫内膜萎缩需明确病因，积极检查妇科激素六项，结合临床症状及超声检查的子宫内膜厚度，制定个性化治疗。通常会给予患者进行雌激素治疗，以达到促进、减缓以及治疗子宫萎缩的目的。如果患者为绝经后女性，通常可选择小剂量雌激素或坤宝丸等进行治疗，还可辅助必要的维生素，以减轻更年期症状延缓衰老。
子宫萎缩主要由于子宫内膜失去激素支持，而以卵巢功能作为重要支撑所致。由于子宫内膜生长、发育、分泌及脱落随着月经周期变化而变化，对于卵巢 功能衰竭，尤其更年期绝经后女性，由于雌激素处在低水平，使生殖系统包括阴道壁、子宫内膜、子宫发生生理性、萎缩性变化，属于自然衰老过程。