肾结石的用药需要区分对待，如果肾结石较大，可能单纯的药物治疗并不能达到有效的治疗作用，需要通过体外冲击波碎石或手术治疗。
肾结石比较小，如大于0.6cm或者0.7cm以下的结石，常用中医药，像清热利湿、行气活血的药物，增加人体尿液及肾盂和输尿管的蠕动，帮助结石快速的排出。
如果结石从肾掉到输尿管里，除了使用中草药排石外，西药也有些药物对输尿管结石有治疗作用。最常用的药物有双氯芬酸钠，该药物最开始是止疼药，后来发现其有扩张输卵管作用。
除了该类药外，还有其他两类药物，一类是α受体阻滞剂，主要包括特拉唑嗪、多沙唑嗪、坦索罗辛等，这些药物可以让下段的输尿管进行松弛扩张帮助排石。
还有一类药物M受体阻滞剂，主要是托特罗定和索利那新，这类药物也可扩张下段输尿管，帮助结石的排出。对于肾和输尿管结石最常用的药物是中草药的排石，还有些特殊的西药可以扩张输尿管，帮助结石的排出。