肾积水3cm做不做手术，并不取决于肾积水本身是否严重，关键原因或手术参考依据是导致肾积水的病因。如果肾积水的原因是结石，一定要进行处理，如果肾积水的原因是输尿管的狭窄，也可以考虑做肾功能的评估。如果肾功能的状况已经出现问题，如肾功能的滤过分数下降，建议进行肾盂输尿管的成形手术，或做输尿管狭窄段的切除，及重新吻合手术。部分病人肾积水的原因是肿瘤，或息肉，这种情况都需要进行积极的外科干预治疗。
个别病人肾积水的原因不是泌尿系统，而是泌尿系统周围的某些组织脏器，如腹膜后纤维化，或腹膜后其他系统的巨大肿瘤，包括妇科的肿瘤，以及恶性肿瘤转移到腹膜后，或输尿管周围等，压迫输尿管从而导致肾脏积水，此时需要根据具体的病因决定。腹膜后纤维化这种疾病，可能更多的是需要进行免疫治疗，但对于肿瘤性病变，还是考虑进行外科的手术干预来处理。总之，无论是内科治疗，还是外科手术干预，其目的均为尽可能缓解肾积水的情况，避免肾积水长期存在后，对肾脏功能造成某些不可逆转的损害。