淋球菌感染后没有采取正确的治疗手段或没有选用正确的药物，治疗不彻底会导致慢性淋球菌感染，称为慢性淋病。
慢性淋病在女性中的发病率远高于男性，由于50%女性宫颈感染者没有任何临床症状和不适，可能仅表现为白带分泌物增多、脓性分泌物，或仅出现轻度的瘙痒表现，所以很容易漏诊或没有及时诊治。
慢性淋病的治疗需要根据患者感染部位、是否有血行播散或并发症决定治疗时间和治疗方法。如果出现血行播散，导致患者出现心内膜炎或脑膜炎，慢性淋病的治疗时间可能会长达数周。如果没有并发症，仅仅伴有尿道炎、宫颈炎，可能只进行一次治疗即可。