指甲起皮、分层有多种原因，具体如下：
1、全身性营养不良：包括维生素、微量元素缺乏，严重贫血、胃肠道疾病等，导致指甲根部的甲母质细胞功能受到影响，合成甲板蛋白可能出现结构异常，导致指甲出现起皮、分层等异常改变；
2、局部因素：比如长期浸泡在水中或者有机溶剂里，导致甲板结构改变，指甲也可以起皮、分层；
3、感染因素：比较常见的是皮肤癣菌等真菌感染，甲板发生甲真菌病，称为甲癣即灰指甲。致病真菌感染甲板后，破坏甲板结构，导致甲板出现起皮、分层、颜色变黄、增厚、破损等现象，可以通过真菌检查加以明确，而且经过抗真菌治疗后，真菌所致的甲板起皮、分层可以缓解。但其他感染比如慢性甲沟炎等，也可以导致指甲出现起皮、分层等现象。