肺脓肿手术需要根据肺脓肿大小、范围、病变程度判断手术需要进行多久。对于小的肺脓肿，周围没有形成粘连，胸腔镜进去进行局部切除则手术较快，通常在半个小时到一小时内可以解决问题。
大型肺脓肿或伴有胸腔积液，进行胸腔镜手术，需要清除周围积液，同时进行肺叶切除，时间会较长，可能需要1-2个小时。慢性肺脓肿周围形成了致密粘连，此类患者有时胸腔镜无法进行手术，必须开放手术，将病灶游离出来再进行切除，手术时间就非常长，甚至可能需要4-5个小时。因此，肺脓肿手术时间长短需要根据肺脓肿病变范围、病情严重程度进行判断，并不是所有类型肺脓肿的手术时间都相同。