PET-CT第二次扫描称为延迟扫描或简称为延迟，延迟扫描不一定是因为存在异常。延迟扫描目的主要是为了得到更多的脏器信息，对疾病诊断可以做出更好诊断。延迟扫描常会在部分疾病中应用，例如胃部肿瘤，胃部病变等。胃是空腔脏器，如果扩张较差，可能对胃部占位或胃部代谢定位造成影响，经过延迟扫描以后，可以重新对胃壁占位情况以及病灶代谢情况进行分析。
部分患者可能是生理性摄取，通过延迟以后可能会有移动或消失，可以排除肿瘤。对于肠道延迟，则与上述情况的原理相同，肠同样是空腔脏器，肠道内会存在粪便，而异物以及炎症都可能会有异常摄取代谢。通 过延迟显像以后肠道内的粪便等异物可能会移动或消失，此时可以对疾病进行鉴别诊断。
另外，肺部等部位的炎症在和肿瘤鉴别中也会应用到延迟显像，例如肺部肿物。在肿瘤中延迟显像往往会延迟以后高摄取，在炎症病灶延迟以后可能会代谢降低。