患者痛经期间建议每天进行艾灸，而痛经结束后建议每周进行1次艾灸。女性痛经通常按照月经周期发作，因此整个治疗周期中建议患者不仅在月经期进行艾灸，而是在经期结束后也要每周艾灸1次，不易上火的同时对患者寒凝胞宫所引起的痛经具有明显的缓解作用。
通常不建议患者在痛经发作时才开始治疗，否则效果不理想，可能在下个周期月经来潮时仍然会有疼痛发生，因此需要在月经期和经期结束后进行治疗。患者出现痛经时的艾灸通常采用艾灸盒进行，通常艾灸整个下腹部、神阙穴或腰背部即可。
而日常的艾灸可以按穴位进行灸治，如神阙穴、关元穴、肾俞穴、命门穴、八髎穴等，另外也可以灸血海穴、足三里穴、三阴交穴等穴位进行治疗。