在怀孕早期，即3个月内，是胎儿心脏形成的关键时期，任何引起心脏发育停顿或者错误的因素都可以导致先天性心脏病。引起先天性心脏病的确切病因到目前为止还没有定论，但是临床认为是环境与遗传因素及其他多因素共同作用的结果。
目前认为，先天性心脏病少数是由遗传引起，比例大概为7%，大部分的散发病例与遗传无关。遗传因素可以分为染色体异常或者单基因遗传、多基因遗传。先心病有明显的遗传病特性，有很多与先天性心脏病相关的遗传综合征，比较常见的是唐氏综合征，即21-三体综合征、Turner综合征、DiGeorge综合征， 即胸腺发育不良综合征，以及威廉姆斯综合征等。
外在因素中，比较重要的是宫内感染，特别是孕妇在怀孕早期感染，如风疹病毒感染，可以导致很严重的先天性心脏病。怀孕早期叶酸缺乏或者接触放射线，怀孕早期服用各种药物，如感冒药或者抗癌药、抗癫痫药等，都有可能导致胎儿先心病。另外，母亲有不良嗜好，如吸烟、酗酒，或有其它疾病，如糖尿病或者甲状腺疾病等，都可以导致胎儿先天性心脏病的发生。