肛门癌能够被彻底治愈的可能性不大，医学上用于评价肛门癌治疗的效果，通常使用5年生存率来表达。如果没有远处转移，肛门癌患者的5年生存率，即做完手术，或相应的化疗、放疗后5年还能够存活的大概是59%，但如果有远处转移，可能不到20%，因此有无淋巴结转移是影响肛门癌患者5年生存率的重要因素。
其他影响患者5年生存率的因素，还包括肛门癌的浸润深度，通常浸润程度越深生存率越低。而且由于肛门癌中含有不同类型的肿瘤，即肛门癌是由多种恶性肿瘤而构成的名词，因此不同种类肛门癌患者的生存率存在相应差异，但总体肛门癌的治愈率比较低。