随着医学影像学、分子病理学、微创诊治理念及靶向药物的不断变革，人们对于胃肠道间质瘤的发病机制和诊断治疗，都有了全新的认识。胃肠道间质瘤的规范化治疗是针对胃肠道间质瘤的大小、部位、生长方式、影像学表现，以及基因检测结果、患者不同的病情来采取，包括外科手术和靶向药物相结合的个体化治疗策略。
胃肠道间质瘤并不是一经发现就要马上切除，医生会根据肿瘤的位置、病理特点进行综合评估，决定是否需要手术切除。如果需要手术，医生也会根据患者的肿瘤情况和自身条件来选择手术的方式进行个体化治疗，通常手术方式包括传统 的开腹手术、腹腔镜微创手术、机器人微创手术、内镜治疗等。靶向药物治疗包括一线药物伊马替尼、二线药物舒尼替尼、三线药物瑞戈非尼和四线药物瑞派替尼。
随着临床专业的不断细分，各学科间的沟通和协作显得越来越重要，多学科团队协作的诊治模式，即MDT应运而生。MDT诊疗模式不仅有助于判断胃肠道间质瘤患者的手术指征，制订安全可行的手术方案，也能提升患者术后康复，制订靶向药物治疗方案，及随访等科学有效性，使患者充分获益。因此对于病情复杂、瘤体巨大，或位置特殊的胃肠道间质瘤患者，建议到病例比较多的诊疗中心MDT就诊，以实现规范化和个体化的治疗。