幽门螺杆菌推荐的治疗方案，主要是4种药物，包括质子泵抑制剂、 铋剂，以及两种抗菌素，即通常所说的四联方案。质子泵抑制剂在使用时，要求餐前半小时空腹服用，铋剂由于根据胃对药物的耐受情况，也可以选择餐前或者是餐后进行服用。如果经常会觉得胃内不舒服，对部分药物比较敏感的个体，可以选择餐后服用，也可以选择餐前服用。
抗菌素的不良反应比较多，尤其是本身在感染幽门螺杆菌后，大多数患者会有浅表性胃炎或者胃内不适。而抗菌素可能对胃的刺激比较明显，抗菌素的服用时间可以在餐后，通常要求餐后1h服药。服药时，尽量要按照要求的剂量进行服用，通常四联方案，每种药物服用次数都是每日2次，尽可能间隔12小时，使体内的血药浓度达到稳定的浓度，有利于清除幽门螺杆菌。