头孢克肟是第三代头孢类抗菌素，而阿奇霉素是大环内酯类抗菌素，二者抗菌机制不同，头孢类以杀菌为主，大环内酯类以抑菌为主。
急性鼻窦炎是细菌感染所引起，建议以阿莫西林、克拉维酸钾或者第二代以上头孢类抗菌素为主，一般疗程为7-14天。对头孢类过敏患者，可以使用阿奇霉素治疗，疗程一般不超过5天。
慢性鼻窦炎除细菌性炎症，还有多种炎症因素，建议使用大环内酯类，十四元环大环内酯类抗菌药物，长期小剂量使用，一般推荐克拉霉素或者罗红霉素等。
阿奇霉素也是大环内酯类药物，但是对肝肾功能抑制作用比较强，不推荐长期使用阿奇霉素治疗慢性鼻窦炎。