沙眼衣原体感染是非常重要的性传播疾病，和艾滋病的感染没有太大关系，但沙眼衣原体感染在免疫缺陷的病人，可以形成合并症，比如女性艾滋病病人如果有沙眼衣原体感染，可能更容易继发子宫内膜炎、输卵管炎或患盆腔炎。对于男性艾滋病病人更容易继发附睾炎、肛门直肠感染。因此艾滋病人群沙眼衣原体感染应该受到重视。我国家对于沙眼衣原体感染，尤其生殖道沙眼衣原体感染重视程度远远不够。
沙眼衣原体引起的最大的危害是不孕不育，沙眼衣原体可以造成男性、女性泌尿生殖道的炎症，尤其可以造成女性输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎，造成不孕不育甚至宫外孕的风险。所以在发达国家25岁左右的女性，每年都建议检测沙眼衣原体感染，如果发现及时治疗，会大大降低不孕不育的人群。而我国家没有严格推广这项活动，造成沙眼衣原体感染感染从而导致会不孕不育。沙眼衣原体感染和艾滋病同属性传播疾病都应该受到重视，两者之间的感染没有必然关系，但是作为同类，如果有沙眼衣原体感染，也是应该查艾滋病。