先天性阴茎短小可以治疗，但需要根据不同的情况，选择不同的治疗方法。如果是性腺功能低下造成的先天性阴茎短小，通过纠正内分泌的功能，改善性腺功能，可以使阴茎正常发育，尤其是青春期以前及时治疗。对于阴茎短小的病人，还可以选择手术治疗，如阴茎延长、增粗手术。
如果病人感觉自己的阴茎短小，医生需要判断患者是否存在真正的阴茎短小。阴茎的功能性长度指>7.5cm，此时认为可以达到正常的功能，并不认为短小。因为除了外观上造成障碍外，实际上不影响生理功能。并且测定要求从龟头到耻骨，并且最好在充分勃起的状态下进行测量，而如果没有充分勃起，则一定要在最长牵拉的状态下，从龟头到耻骨进行测量。如果测量的距离>7.5cm，基本属于正常情况。而如果测量的距离<7.5cm，此时才称为阴茎短小或 小阴茎。