服用奥美拉唑并不影响胃镜检查，只是有时候服用一段时间奥美拉唑后，可能之前存在胃黏膜糜烂或者较浅溃疡，其溃疡、糜烂就可以愈合。那么在进行胃镜检查时，也可能无法观察到糜烂和溃疡，从此意义上来讲，服用奥美拉唑可能会在胃镜时对胃内病变观察存在一定影响。
如果服用奥美拉唑后胃炎或者溃疡痊愈，说明此时治疗有效或疾病较轻，通过服用奥美拉唑已经取得一定疗效。如果仍存在不适感觉，可以继续服用奥美拉唑直到症状得到缓解。
因此，如果需要进行胃镜检查时，服用奥美拉唑不会影响到胃镜本身检查，只是在胃镜检查时观察到的病变，在服用药物之前和之后存在部分变化。